Inovasi DNA Barcode untuk Konservasi dan Produktivitas
JP Radar Kediri-Kabupaten Kediri merupakan salah satu sentra utama penghasil nanas (Ananas comosus) di Indonesia. Memiliki beberapa varietas lokal seperti Madu Kelud, Pasir Kelud 1, hingga Asam Gulas. Meskipun ragam nama lokal dan morfologi yang tampak serupa tersimpan teka-teki genetik yang belum banyak terungkap.
Berangkat dari pentingnya pemahaman mendalam terhadap keanekaragaman hayati, tim peneliti Fakultas Pertanian Universitas Kadiri (UNIK) bekerja sama dengan Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) melakukan penelitian genetik terhadap 15 spesimen nanas dan kerabat dekat famili Bromeliaceae. Tujuannya untuk mengidentifikasi variasi genetik dan menyusun pohon kekerabatan antar-aksesi menggunakan metode DNA barcoding berbasis gen matK—sebuah penanda genetik dari kloroplas tanaman yang dikenal efektif dalam klasifikasi spesies.
“DNA barcoding ini semacam sidik jari tanaman. Kami bisa tahu bukan hanya nama latinnya, tapi juga sejauh mana hubungan genetic antar-varietas lokal dan spesies lain di dunia,” jelas Rasyadan Taufiq Probojati, SSi, MSi, peneliti dari Fakultas Pertanian UNIK.
“Bagi kami, ini pondasi untuk pelestarian dan pengembangan nanas unggulan Kediri ke depannya,” sambungnya.
Hasilnya, Gen matK berhasil diisolasi dan diperbanyak dari semua spesimen. Menunjukkan panjang fragmen DNA sekitar 750–800 pasangan basa. Analisis genetik menunjukkan bahwa semua varietas lokal nanas Kediri, seperti Red Honey dan Simplex, berasal dari spesies yang sama, Ananas comosus. Namun memiliki keragaman genetik yang menarik dikaji lebih lanjut.
Sementara, beberapa spesimen dari kebun raya BRIN-yang awalnya diidentifikasi sebagai satu spesies-justru terkonfirmasi sebagai spesies berbeda dalam genus yang sama. Menandai pentingnya pembaruan basis data tanaman.
Pohon kekerabatan atau filogram yang dihasilkan menempatkan nanas Kediri dalam cabang awal subfamili Bromeliodeae. Mempertegas keunikan dan potensi genetiknya. Temuan ini sangat penting bagi pelestarian plasma nutfah lokal. Menjadi dasar pengajuan perlindungan varietas tanaman (PVT) di masa depan.
“Banyak spesies tumbuhan yang hanya dikenal dari nama daerah dan bentuk fisiknya saja. Padahal untuk tujuan konservasi dan pemanfaatan lebih lanjut, kita perlu tahu identitas genetiknya secara pasti,” ujar Lia Hapsari, SP, MSi, peneliti Pusat Riset Botani Terapan BRIN.
Mengapa ini penting? Dalam era pertanian modern, pemuliaan tanaman tak cukup hanya mengandalkan ciri morfologi. Pemanfaatan teknologi molekuler seperti DNA barcoding memungkinkan identifikasi spesies secara lebih akurat, memperkuat upaya pelestarian plasma nutfah, dan mendukung strategi peningkatan produksi hortikultura tingkat lokal maupun nasional.
Penelitian ini menjadi bukti kolaborasi antar-lembaga pendidikan tinggi dan badan riset negara mampu menghasilkan inovasi sains terapan yang relevan dengan kebutuhan masyarakat dan pembangunan pertanian berkelanjutan. Penggunaan gen matK dalam identifikasi tanaman diharapkan menjadi standar baru dalam konservasi dan perlindungan hak kekayaan intelektual varietas lokal, termasuk nanas unggulan Kediri.
Dari laboratorium ke ladang, dari data ke dampak nyata, itulah semangat yang diusung kolaborasi UNIK dan BRIN dalam riset nanas lokal Kediri. Agar menjadi titik awal membangun pertanian lokal yang tangguh, berbasis ilmu pengetahuan, dan tetap berakar kuat pada kearifan lokal. (Disusun oleh: Tim Peneliti Fakultas Pertanian UNIK dan BRIN)
Editor : Mahfud